KLAST: nuova tecnologia di comparazione delle sequenze biologiche a elevate prestazioni

KLAST: nuova tecnologia di comparazione delle sequenze biologiche a elevate prestazioni da BUSINESS FRANCE

Da: BUSINESS FRANCE  10/12/2012
Parole chiave: aziende francesi, imprese francesi, relazioni commerciali Francia Italia,

La società Korilog propone la nuova tecnologia KLAST, frutto della sua collaborazione con il gruppo di ricerca Genscale del centro Inria di Rennes (F). I vantaggi di questa tecnologia: una ricerca delle similitudini delle sequenze biologiche (DNA, RNA e proteine) allo stesso tempo rapida e precisa, pensata in modo specifico per elaborare i grandi volumi di dati generati dai sequenziatori di nuova generazione (Next Generation Sequencing). «Una questione chiave nelle ricerche delle similitudini tra banche di sequenze è quella di ridurre considerevolmente i tempi d’esecuzione, preservando al tempo stesso un’elevata qualità dei dati che ne risultano», spiega Patrick Durand, Direttore di Korilog. «KLAST risponde non solo a questi due obiettivi, ma la sua innovativa applicazione tiene conto dell’infrastruttura informatica esistente nei laboratori. Infatti, velocizza il processo senza richiedere hardware periferici supplementari, poiché sfrutta pienamente le CPU multiprocessore disponibili nei normali computer d’ufficio o i nodi del cluster». Le prestazioni di KLASTp hanno registrato un’accelerazione di un fattore 24 rispetto a BLASTp, strumento di riferimento. Questi risultati sono stati ottenuti facendo girare i due algoritmi sugli otto processori di un computer Apple Mac Pro, per la comparazione di 2.327 proteine della specie del pioppo nero Populus Trichocarpa con 2,9 milioni di proteine della banca dati NCBI RefSeq. KLAST è altrettanto sensibile e selettivo dei due strumenti di riferimento Blast e SSearch. Per Dominique Lavenier, responsabile del gruppo di ricerca Genscale, il trasferimento di KLAST in una società ad alta tecnologia come Korilog è una tappa molto gratificante e importante per il suo gruppo di ricerca. «Ci consente di contribuire direttamente a nuove innovazioni nei settori biologici emergenti, che vanno dalla sanità all’agricoltura e all’ambiente», ci confida. «E i commenti degli utenti finali sono molto preziosi per mantenere KLAST nella posizione di leader tecnologico nella comparazione intensiva delle sequenze». Per fornire agli utenti una piattaforma innovativa di ricerca delle similitudini delle sequenze, il motore KLAST è stato integrato nella suite software grafica ngKLAST di Korilog, e in un’estensione (plugin) per la piattaforma d’analisi dati KNIME. Di conseguenza, gli utenti potranno sfruttare sia l’acceleratore KLAST, sia le funzionalità avanzate d’analisi dati delle due piattaforme ospiti, KNIME o hgKLAST. Attraverso queste soluzioni software, è così possibile comandare KLAST sia con linee di comando, sia con ricche interfacce grafiche, dalla postazione di lavoro individuale fino al cluster che equipaggia i grandi centri di ricerca. I settori d’applicazione di questa nuova tecnologia coprono tutti gli aspetti della comparazione di sequenze su ampia scala per la sanità, l’agroalimentare, la biodifesa, l’ambiente e le biotecnologie. Per maggiori informazioni KORILOGPatrick DURANDTel.: + 33 9 60 36 80 [email protected] Contatto in Italia:Oppure: UBIFRANCE Italia Barbara GalliCorso Magenta, 63 – 20123 Milano Tel. 02 48 547 [email protected]/ithttp://twitter.com/ubifranceitalia

Parole chiave: aziende francesi, imprese francesi, relazioni commerciali Francia Italia, ricerca distribuzione prodotti francesi, ricerca partner in Francia, società francesi, Tecnologie francesi, UBIFRANCE ITALIA,

Altri prodotti e servizi per BUSINESS FRANCE

Gli esperti francesi fedeli al più grande salone mondiale dedicato all’ingegneria dei processi chimi da BUSINESS FRANCE thumbnail
29/05/2015

Gli esperti francesi fedeli al più grande salone mondiale dedicato all’ingegneria dei processi chimi

Business France, l’Agenzia nazionale al servizio dell’internazionalizzazione delle imprese francesi, organizza la partecipazione collettiva francese al salone ACHEMA, punto d’incontro


#ESXENCE2015 – candele e fragranze per ambienti con CHABAUD da BUSINESS FRANCE thumbnail
16/02/2015

#ESXENCE2015 – candele e fragranze per ambienti con CHABAUD

CHABAUD (Stand 13) sarà a ESXENCE 2015 per presentare la sua collezione di fragranze declinate in profumi d’ambiente, candele e


EN’DIVA, TUTTA LA BONTA’ DELLA FRANCIA DENTRO L’INDIVIA da BUSINESS FRANCE thumbnail
13/08/2014

EN’DIVA, TUTTA LA BONTA’ DELLA FRANCIA DENTRO L’INDIVIA

La varietà Barbucine® arriva sulle tavole italiane Salone Macfrut 2014 - Cesena - 24-26 settembre 2014 EN’DIVA, marchio sinonimo di


Gestione dei dati multimediali: ORPHEA STUDIO firma due partnership in Italia con ADASTO e BLUEDOG da BUSINESS FRANCE thumbnail
13/08/2014

Gestione dei dati multimediali: ORPHEA STUDIO firma due partnership in Italia con ADASTO e BLUEDOG

Fondata nel 1997, Orphea Studio, società pioniera nel Digital Asset Management ha siglato due partnership con le società di comunicazione


Tra rivisitazioni storiche e proiezioni futuriste, tornano i tessuti francesi a Milano Unica da BUSINESS FRANCE thumbnail
13/08/2014

Tra rivisitazioni storiche e proiezioni futuriste, tornano i tessuti francesi a Milano Unica

E’ l’ottimismo che guida i 15 produttori francesi di tessuti per l’abbigliamento a partecipare all’edizione di settembre 2014 di


16/04/2014

L’offerta ferroviaria francese accessibile con un solo click!

L’offerta ferroviaria francese accessibile con un solo click! www.french-rail-industry.com Il primo portale di promozione internazionale dell’offerta ferroviaria francese è stato lanciato il 21 marzo a Parigi in occasione della firma di un accordo di collaborazione tra UBIFRANCE, Agenzia francese per lo sviluppo internazionale delle aziende, e Fer de France, Associazione interprofessionale della filiera ferroviaria francese.


04/04/2014

Emerald™ : Monitorare la catena del freddo sullo smartphone

Monitorare la catena del freddo sullo smartphone Un’app sviluppata da Oceasoft specializzata nella tracciabilità del freddo nel settore della


07/03/2014

COSMESI PER CAPELLI MADE IN FRANCE A COSMOPROF HALL21N Bo 4-7-aprile

COSMESI PER I CAPELLI – Hall 21N ALVEND LABORTORY (Stand I2-L1D) nasce nel 1995 come proseguimento di una tradizione familiare.


05/03/2014

INCONTRO CON TECNOLOGIE PER LA PROMOZIONE TURISTICA MADE IN FRANCE HOTEL MARRIOTT 17 MARZO 2014

TECNOLOGIE PER LA PROMOZIONE TURISTICA Incontro con tecnologie Made in France Milano 17 marzo 2014 - Hotel Marriott Milano


COSMOPROF BOLOGNA 4-7 aprile COSMESI PER I CAPELLI – Hall 21N da BUSINESS FRANCE thumbnail
19/02/2014

COSMOPROF BOLOGNA 4-7 aprile COSMESI PER I CAPELLI – Hall 21N

ALVEND LABORTORY (Stand I2-L1D) nasce nel 1995 come proseguimento di una tradizione familiare. Il laboratorio è impegnato nella formulazione e


Artolis®, una gamma completa di tessuti tecnici per l’architettura d’interni da BUSINESS FRANCE thumbnail
05/02/2014

Artolis®, una gamma completa di tessuti tecnici per l’architettura d’interni

Barrisol, leader mondiale del telo teso presenta la nuova proposta Artolis®. Progettata in modo specifico per la sistemazione e la


Selectiv’ Process Vision 2: la qualità della selezione ottica accessibile a tutti da BUSINESS FRANCE thumbnail
03/02/2014

Selectiv’ Process Vision 2: la qualità della selezione ottica accessibile a tutti

Comunicato stampa Selectiv’ Process Vision 2: la qualità della selezione ottica accessibile a tutti Il Gruppo Pellenc, già presente


Selectiv’ Process Vision 2 da BUSINESS FRANCE thumbnail
31/01/2014

Selectiv’ Process Vision 2

Comunicato stampa Selectiv’ Process Vision 2: la qualità della selezione ottica accessibile a tutti Il Gruppo Pellenc, già presente


Prima edizione del Salone Equipmag Retail Expo China da BUSINESS FRANCE thumbnail
20/12/2013

Prima edizione del Salone Equipmag Retail Expo China

Prima edizione del Salone Equipmag Retail Expo China 15-17ottobre 2014 Equipmag, Salone di riferimento in Francia per punti vendita,


Soluzioni innovative per migliorare i processi di rivestimento da BUSINESS FRANCE thumbnail
09/10/2013

Soluzioni innovative per migliorare i processi di rivestimento

Per risolvere i problemi legati alla difficoltà di rivestimento di alcuni materiali, una soluzione adeguata è fornita dal trattamento superficiale